Vodstvo HDED HLZ čine predsjednik i podpredsjednik društva te 6 članova upravnog odbora. Mandat HDED HLZ traje 4 godine.

Predsjednik: Darko Kaštelan (izabran 3.put 2023.)

Podpredsjednica: Anela Novak (izabrana 2. put 2023.)

Članovi upravnog odbora:
Ana Majić Tengg  (izabrana 2023.)
Maja Jurić Samardžić (izabrana 2021.)
Karin Zibar Tomšić (izabran 2023.)
Martina Jambrović (izabrana 2021.) predstavnica specijalizanata
Srećko Marušić (izabran 2023.)
Tanja Miličević Milardović (izabrana 2. put 2023.)

Tajnica HDED HLZ: Anja Barač Nekić

Pri HDED HLZ djeluje Povjerenstvo za racionalnu farmakoterapiju i Povjerenstvo za medicinska pitanja.